Istana Baoan Melaka telah diasaskan lebih 200 tahun lalu oleh bapa (namanya tidak diketahui) kepada Seow Kian Huat, yang berasal dari Zhangzhou, Wilayah Fujian. Apabila dia pergi ke selatan ke Malaysia, dia mengalu-alukan kemenyan Sanping Patriarch Kuil Sanping di Zhangzhou ke Melaka. Dia berkahwin campur dengan seorang wanita Melayu tempatan di Melaka dan melahirkan Xiao Jianfa, maka penduduk tempatan memanggilnya Baba .

Di kawasan Jalan Bunga Raya, di mana terletaknya Istana Baoan, banyak harta benda milik Xiao Jianfa, termasuk Istana Baoan. Kemenyan di Kuil Baoan sangat makmur pada zaman itu.Ramai keluarga Baba di Melaka akan mengunjungi kuil itu setiap tahun untuk hari keputeraan Tuhan, terutamanya pada hari keenam bulan pertama kalendar lunar. Berhijrah ke Singapura secara perlahan-lahan. [4]

Istana Baoan sentiasa melantik sekurang-kurangnya empat pemegang amanah, dan pelantikan terakhir ialah pada Tarikh 13 Julai 1959, Empat pemegang amanahnya ialah bekas Gabenor Bandaraya Melaka Tan Sri Datuk Tan Ching Ching Ching, Cen Hui Chao, Pan Quan dan Tan Rong Pak. [5]